Կոմիտասի Պատարագն առանձնանում է իր ինքնատիպությամբ, համարձակ նորարարական կողմերով և, նույնիսկ, հագեցած է աշխարհիկ ոգով։ Ահա թե ինչու հայ եկեղեցին այն չէր ընդունում՝ համարելով իր ոգուն անհամապատասխան։
Կոմիտասը ձգտում էր ստեղծել ազգային Պատարագ։ Նա աշխատում էր հայ եկեղեցու բազմադարյան երգեցողությունը մաքրել օտար շերտավորումներից, վերականգնել ազգային ոճաձևերի անաղարտ գեղեցկությունը, զուսպ ու վեհ պարզությունը, հասնել ինտոնացիոն և ոճական մաքրության։ Վերամշակելով հայ եկեղեցական մոտիվները՝ Կոմիտասը խուսափել է ավելորդ գեղգեղանքներից՝ աշխատելով հնարավորինս բյուրեղացնել եղանակների կազմությունը, ինչպես նաև սերտ կապ ստեղծել երաժշտության և լեզվի շեշտադրության միջև։
Պատարագի պարտիտուրի ստեղծմանը, այն բազմաձայնելուն նախորդել է մեղեդիների ընտրության երկարատև աշխատանքը։ Ինքնատիպ, օտար ազդեցություններից զերծ մեղեդիների ընտրության նպատակով Կոմիտասը դիմում էր գյուղական համեստ տիրացուներին, որոնք ավանդական ձևով էին կատարում այդ մեղեդիները։ Հայտնի է, որ կոմպոզիտորն ուներ Պատարագի մշակման մի քանի տարբերակ։ Այդ մասին նա գրում է իր նամակներից մեկում. «Հայկական Պատարագն ունեմ յոթ տեսակ բազմաձայն դաշնակած, բայց չի տպված»։